Chùa Đẩu Long ngoài thờ phật còn thờ 9 vị thần ở nhiều giai đoạn lịch sử. Các vị thần này đều được thờ ở các di tích khác ở các làng xung quanh chùa nên được rước về thờ sở ở ngôi chùa hữu chung. Chùa Đẩu Long thờ Phật đã nghiễm nhiên trở thành một toà đền thờ các vị anh hùng dân tộc và các vị nhiên thần, những linh khí của núi sông núi Tràng An nước Việt hùng vĩ.[2]

1. Thần Quý Minh: là vị thần trấn nam Hoa Lư tứ trấn.
2. Trần Quốc Tảng [3] vốn thờ ở đền Lăng, khu vực sân vận động Ninh Bình ngày nay, đền bị phá từ lâu.
3. Nguyễn Bặc: Một trong "Tứ trụ" Triều đình thời Đinh Tiên Hoàng.[4] được thờ ở đền Hiềm.
4. Hoàng Đế Lê Đại Hành: được thờ ở đền Đồng Bến ở khu vực phía trước Nhà thi đấu tỉnh Ninh Bình.
5. Trương Hán Siêu: được thờ ở đền Quan Thái phó; đền bị phá năm 1952, đền mới được dựng ở chân núi Non Nước.
6. Trần Hưng Đạo
7. Thánh Mẫu được thờ ở chân núi Kỳ Lân
8. Phổ Hộ đại vương gia phong Đoan Túc trung đẳng Thần.[5]
9. Uy Huệ vương gia phong Đoan Túc tôn thần; Hoặc là đức Khâm Minh Duệ Vũ hoàng đế.[6]